El conjunto de La Victoria apostó para ese año por sus canteras que replegaron a los jugadores más experimentados de aquel equipo. Entre los juveniles estaban: Jefferson Farfán, Wilmer Aguirre, Rinaldo Cruzado, Alexander Sánchez y los hermanos Guizazola, jugadores que años más tarde jugarían en la selección peruana de fútbol. Sumado a la experiencia del capitán de entonces José "Pepe" Soto y a Juan Jayo Legario y a cargo estaba el profesor argentino Costas al mando. Ese equipo se fue consolidando fecha a fecha con un Farfán que por esos años ya se veía que sería una figura excluyente en el futuro. Los "grones" llegaron a la parte final del apertura quedando en la segunda posición y el conjunto rimense fue campeón de ese torneo.
Para el torneo Clausura y cuando Alianza estaba en el primer puesto a falta de pocas fechas para que acabe, los jugadores decretaron una huelga indefinida por la falta de pago que recibían de sus clubes, representados por la Agremiación de Futbolistas. La noticia llegó hasta la ADFP (Asociación Deportiva de Fútbol Profesional) que decidieron que todos los equipos jueguen con jugadores sub-20 (donde salió Juan Manuel Vargas en la "U"). Esa medida hizo que la Federación Peruana de Fútbol daba por terminado el torneo Clausura y al club aliancista como campeón del Clausura 2003.
El play-off se definió un 31 de Enero del 2004 (por los problemas mencionados) entre Alianza Lima y Sporting Cristal a partido único y en el antiguo y sintético Estadio Nacional. El comienzo fue dominado por los celestes que fue el que comenzó ganando con un 1-0 gol pateado con la rodilla de Jorge Soto. Pero "los potrillos" querían hacer historia, querían demostrar que ellos eran la generación de oro en Alianza de estos años, así que para el segundo tiempo Costas decide el ingresó de Roberto Silva, cambio que cambió el partido.
Un Farfán encendido como en toda la temporada, elude por velocidad a Ámilton Prado que se escapó hasta la raya izquierda del campo, saca un centro por abajo para que aparezca por el otro lado Silva y anote el empate. Con el 1-1 y con un juego parejo se terminó los 90 minutos de juego y tenían que ir al entretiempo. Alianza se volcaba al ataque y no dejaba opciones para los rimenses, el "Zorrito" Aguirre manda un centro que Silva con un golpe cabeza mandaba la pelota para que le quede a Guilermo Salas que la jugó al medio y apareció como 9, el joven y figura de Alianza en esos años, apareció Jefferson Farfán que de cabeza anotó el 2-1 final que justificó lo hecho por los grones en toda la temporada y para que celebren su título número 20. Final feliz para los aliancistas a puertas de un trascendental choque ante los del Cristal, mañana a las 3:30 pm. en el Estadio Alejandro Villanueva.
